MIMIC-IV2.0解析
MIMIC-IV2.0解析
core
core模块包含三个表:
patients
:患者的人口统计数据
subject_id | 患者的唯一标识符 |
---|---|
gender | 患者的性别 |
anchor_age | 患者在入院时的年龄 |
anchor_year | 患者在入院时的年份 |
anchor_year_grop | 患者入院年份的分组 (按照年份将患者分成了5组) |
dod | 患者死亡日期,如果患者还活着,则为NULL |
admissions
:每次住院的记录
subject_id | 患者 ID,这是一个唯一的标识符,用于关联其他表中的数据。 |
---|---|
hadm_id | 入院记录 ID,这是一个唯一的标识符,用于关联其他表中的数据。 |
admittime | 入院时间,表示患者被接纳到医院的时间。 |
dischtime | 出院时间,表示患者从医院出院的时间。 |
deathtime | 死亡时间,表示患者死亡的时间。如果患者没有死亡,则该列的值为空。 |
admission_type | 入院类型,表示患者被接纳到医院的方式。可能的取值包括:EMERGENCY(急诊)、ELECTIVE(择期)、NEWBORN(新生儿)等。 |
admission_location | 入院地点,表示患者被接纳到医院的位置。可能的取值包括:EMERGENCY ROOM ADMIT(急诊室接诊)、TRANSFER FROM HOSPITAL(从其他医院转入)、TRANSFER FROM SKILLED NUR(从护理院转入)等。 |
discharge_location | 出院地点,表示患者从医院出院的位置。可能的取值包括:HOME(回家)、DEAD/EXPIRED(死亡)、SNF(护理院)等。 |
insurance | 医疗保险类型,表示患者的医疗保险类型。 |
language | 语言,表示患者的语言。 |
marital_status | 婚姻状态,表示患者的婚姻状态。 |
ethnicity | 民族,表示患者的民族。 |
edregtime | 急诊登记时间,表示患者在急诊室的登记时间。如果患者没有通过急诊室接诊,则该列的值为空。 |
edouttime | 急诊出诊时间,表示患者从急诊室出诊的时间。如果患者没有通过急诊室接诊,则该列的值为空。 |
hospital_expire_flag | 二进制标志,用于指示患者在医院内是否死亡。如果患者在医院内死亡,则该列的值为 1,否则为 0。该列通常用于研究医院死亡率和相关的临床结果。 |
transfers
:住院期间每次住院的记录 (包含了患者转移和转运的信息)
subject_id | 患者的唯一标识符,用于关联其他表中的数据。 |
---|---|
hadm_id | 入院记录的唯一标识符,用于关联其他表中的数据。 |
transfer_id | 转移记录的唯一标识符,用于区分不同的转移记录。 |
eventtype | 转移事件的类型,可能的取值包括:ADMIT(入院)、TRANSFER(转移)、DISCHARGE(出院)等。 |
careunit | 转移时患者所在的护理单元,可能的取值包括:CCU(冠心病监护室)、MICU(医学重症监护室)、SICU(外科重症监护室)等。 |
intime | 转移发生的时间,表示患者进入护理单元的时间。 |
outtime | 转移结束的时间,表示患者离开护理单元的时间。 |
hosp
Hosp 模块提供从医院范围内的电子健康记录中获取的所有数据。涵盖的信息包括患者和入院信息、实验室测量、微生物学、药物管理和计费诊断。
医院模块包含来自医院范围内的 EHR 的数据。这些测量值主要是在住院期间记录的,尽管一些表格也包括来自医院外的数据(例如,labevents 中的门诊实验室测试)。信息包括患者和入院详细信息(patients、admissions、transfers)、实验室测量(labevents、d_labitems)、微生物学培养(microbiologyevents)、提供者订单(poe、poe_detail)、药物管理(emar、emar_detail)、药物处方(prescriptions、pharmacy )、医院账单信息(diagnoses_icd、d_icd_diagnoses、procedures_icd、d_icd_procedures、hcpcsevents、d_hcpcs、drgcodes)和医院服务相关信息(services)。
admissions
:每次住院的记录
subject_id | 入院记录 ID,这是一个唯一的标识符,用于关联其他表中的数据。 |
---|---|
hadm_id | 患者 ID,这是一个唯一的标识符,用于关联其他表中的数据。 |
admittime | 入院时间,表示患者被接纳到医院的时间。 |
dischtime | 出院时间,表示患者从医院出院的时间。 |
deathtime | 死亡时间,表示患者死亡的时间。如果患者没有死亡,则该列的值为空。 |
admission_type | 入院类型,表示患者被接纳到医院的方式。可能的取值包括:EMERGENCY(急诊)、ELECTIVE(择期)、NEWBORN(新生儿)等。 |
admission_location | 入院地点,表示患者被接纳到医院的位置。可能的取值包括:EMERGENCY ROOM ADMIT(急诊室接诊)、TRANSFER FROM HOSPITAL(从其他医院转入)、TRANSFER FROM SKILLED NUR(从护理院转入)等。 |
discharge_location | 出院地点,表示患者从医院出院的位置。可能的取值包括:HOME(回家)、DEAD/EXPIRED(死亡)、SNF(护理院)等。 |
insurance | 医疗保险类型,表示患者的医疗保险类型。 |
language | 语言,表示患者的语言。 |
marital_status | 婚姻状态,表示患者的婚姻状态。 |
ethnicity | 民族,表示患者的民族。 |
edregtime | 急诊登记时间,表示患者在急诊室的登记时间。如果患者没有通过急诊室接诊,则该列的值为空。 |
edouttime | 急诊出诊时间,表示患者从急诊室出诊的时间。如果患者没有通过急诊室接诊,则该列的值为空。 |
hospital_expire_flag | 二进制标志,用于指示患者在医院内是否死亡。如果患者在医院内死亡,则该列的值为 1,否则为 0。该列通常用于研究医院死亡率和相关的临床结果。 |
d_hcpcs
d_hcpcs表主要用于为hcpcsevents表中使用的代码提供可读的定义。这些概念主要对应于医院的计费,并且大多数是CPT(Current Procedural Terminology)代码。由于许可限制,不是所有的代码定义都可用。
d_hcpcs表是用于存储CPT(Current Procedural Terminology)代码的参考信息,其四个列分别表示CPT代码所属的类别、代码编码、详细描述和简短描述
category | 该列表示CPT代码所属的类别。CPT代码是由美国医学协会(AMA)开发并维护的一套医疗服务编码标准。CPT代码根据其所代表的医疗服务的特性,被分为多个类别,例如手术、检查、治疗等 |
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code | 该列是CPT代码的具体编码。CPT代码通常由五位数字组成,代表了一个特定的医疗服务 |
long_description | 该列包含了CPT代码的详细描述。通常包括了该医疗服务的名称、功能、用途等信息,帮助医务人员理解该代码的具体含义 |
short_description | 该列包含了CPT代码的简短描述。通常是该医疗服务的简称或缩写。该列的主要作用是在界面上进行展示时,能够更加简洁地呈现信息,方便医务人员快速浏览和理解 |
d_icd_diagnoses
ICD病情确诊词典表。d_icd_diagnoses表是国际疾病分类(International Classification of Diseases,ICD)的参考表,用于存储ICD诊断代码和说明信息
icd_version | 该列表示ICD诊断代码的版本号。ICD是由世界卫生组织(WHO)开发和维护的一套医学诊断分类标准,目前已经发布了多个版本。该列用于区分不同版本的ICD诊断代码 |
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icd_code | 该列是ICD诊断代码的具体编码。ICD诊断代码通常由字母和数字组成,代表了一个特定的疾病或健康问题 |
long_title | 全称。该列包含了ICD诊断代码的详细描述。通常包括了该疾病或健康问题的名称、病因、症状等信息,帮助医务人员理解该代码的具体含义 |
d_icd_procedures
ICD医疗过程词典表。
d_icd_procedures表是国际疾病分类(International Classification of Diseases,ICD)的参考表,用于存储ICD手术代码和说明信息
icd_version | 该列表示ICD诊断代码的版本号。ICD是由世界卫生组织(WHO)开发和维护的一套医学诊断分类标准,目前已经发布了多个版本。该列用于区分不同版本的ICD诊断代码 |
---|---|
icd_code | 该列存储医院内部手术和操作的 ICD-9-CM 编码,每个编码由三到四位数字组成,用于描述手术和操作的类型、位置和方法等 |
long_title | ICD 编码对应的手术或操作的长标题。该列存储与每个 ICD-9-CM 编码相对应的手术或操作的长标题,用于更详细地描述手术或操作的具体内容和目的 |
d_labitems
门诊化验词典表。
itemid | 该列是检验项目的唯一标识符。每个检验项目都有一个唯一的itemid |
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label | 该列是检验项目的名称或标签。它通常是医学术语或缩写,用于描述检验项目的类型和特征 |
fluid | 该列表示检验项目的样本类型或检测液体类型。例如,血液、尿液、脑脊液等。测量的物质 ‘blood’ ‘urine’ |
category | 该列是检验项目的类别。检验项目根据其功能和测试类型被分为多个类别,例如血液生化、免疫学、微生物学等 |
diagnoses_icd
diagnoses_icd表是一个诊断编码表,用于存储患者的诊断信息。每个记录表示患者在一次住院期间的一个诊断结果,包括诊断编码、诊断编码的版本号、诊断编码的顺序号等信息。该表中的诊断编码采用ICD-9-CM或ICD-10-CM编码标准,ICD-9-CM编码标准用于描述1998年到2015年期间的诊断结果,ICD-10-CM编码标准用于描述2015年以后的诊断结果。
该表的主要作用是为研究人员提供患者的诊断信息,帮助他们了解患者的病情和治疗过程,并进行相关的研究分析。例如,可以使用该表来分析患者的疾病类型、疾病的发展趋势、疾病之间的关联性等,为临床医生提供更好的诊治建议和指导。
subject_id | 患者的唯一标识符,与patients表中的subject_id列相对应 |
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hadm_id | 住院就诊的唯一标识符,与admissions表中的hadm_id列相对应 |
seq_num | 诊断编码的顺序号,表示该诊断的顺序。例如,seq_num = 1 表示该诊断是主要诊断,seq_num = 2 表示该诊断是次要诊断,以此类推 |
icd_version | 诊断编码的版本号,表示使用的诊断编码标准。在MIMIC-IV数据库中,icd_version列的值为9或10,分别表示使用ICD-9-CM和ICD-10-CM诊断编码标准 |
icd_code | 诊断编码,表示患者的诊断结果,使用ICD-9-CM或ICD-10-CM编码标准编码 |
drgcodes
诊断相关组编码表
drgcodes表是用于存储诊断相关分组(Diagnosis-Related Group,DRG)代码和信息的参考表。该表的主要作用是帮助医务人员理解和使用DRG分类系统,从而更好地进行医疗诊断和治疗,并且这些代码也被用于医院的付款和统计分析
hadm_id | 该列是患者住院的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联 |
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drg_severity | 该列表示DRG的严重程度。DRG是一种将医疗服务组织成一组可比较的疾病类别的分类系统,用于确定医院的付款和统计分析。DRG根据患者的诊断、治疗和其他相关因素进行分类,每个DRG都有一个严重程度 |
drg_mortality | 该列表示DRG的死亡率。DRG的死亡率是指在某个DRG中的患者在住院期间内死亡的比例 |
subject_id | 该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联 |
drg_code | 该列是DRG的编码,用于标识DRG |
drg_type | 该列是DRG的类型。DRG根据医学服务的类型和性质进行分类,例如手术DRG、医学DRG等 |
description | 该列包含了DRG的详细说明。通常包括了该DRG的诊断和治疗特点、组成要素、支付标准等信息,帮助医务人员理解该DRG的具体含义 |
emar
storetime | 该列是记录的时间戳,即EMAR记录存储在数据库中的时间 |
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hadm_id | 该列是患者住院的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联 |
pharmacy_id | 该列是药房的唯一标识符,用于与药房信息表格中的数据关联 |
charttime | 该列是护士记录给药的时间,通常在给药前或给药后记录 |
scheduletime | 该列是药物计划的时间,即该药物应该在何时给予患者 |
subject_id | 该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联 |
emar_seq | 该列是EMAR记录的序列号,用于标识不同的EMAR记录 |
emar_id | 该列是EMAR记录的唯一标识符,与其他EMAR记录相关联 |
event_txt | 该列包含了EMAR事件的详细描述,例如药物名称、剂量、途径等信息 |
poe_id | 该列是医嘱的唯一标识符,用于与医嘱信息表格中的数据关联 |
medication | 该列包含了药物的详细信息,例如药物名称、剂量、途径等信息 |
emar_detail
pharmacy_id | 该列是药房的唯一标识符,用于与药房信息表格中的数据关联 |
---|---|
parent_field_ordinal | 该列是EMAR记录的上级序列号,用于标识EMAR记录的层级关系 |
emar_seq | 该列是EMAR记录的序列号,用于标识不同的EMAR记录 |
subject_id | 该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联 |
reason_for_no_barcode | 如果药物没有条形码,则该列包含药物未被扫描的原因 |
complete_dose_not_given | 该列表示是否完全给药,如果没有完全给药,则为True |
dose_due | 该列是应该给予患者的药物剂量 |
dose_due_unit | 该列是药物剂量的单位 |
dose_given | 该列是实际给予患者的药物剂量 |
dose_given_unit | 该列是给予药物的剂量单位 |
will_remainder_of_dose_be_given | 该列表示是否会继续给予剩余的药物剂量 |
product_amount_given | 该列是给予患者的药物的数量 |
product_unit | 该列是给予患者的药物的数量单位 |
product_code | 该列是药品的编码 |
product_description | 该列是药品的描述 |
product_description_other | 该列是药品的其他描述 |
prior_infusion_rate | 该列是之前的输液速率 |
infusion_rate | 该列是当前的输液速率 |
infusion_rate_adjustment | 该列是输液速率的调整,例如加速或减速 |
infusion_rate_adjustment_amount | 该列是输液速率调整的数量 |
infusion_rate_unit | 该列是输液速率的单位 |
route | 该列是药物给予的途径,例如口服、静脉注射等 |
infusion_complete | 该列表示输液是否完成 |
completion_interval | 该列是完成输液所需的时间 |
new_iv_bag_hung | 该列表示是否需要更换输液袋 |
continued_infusion_in_other_location | 该列表示输液是否在其他地方继续进行 |
restart_interval | 该列是重新开始输液所需的时间间隔 |
side | 该列表示药物给予的侧面,例如左侧或右侧 |
site | 该列是药物给予的部位 |
non_formulary_visual_verification | 该列表示药品是否需要视觉确认 |
emar_id | 该列是EMAR记录的唯一标识符,与其他EMAR记录相关联 |
administration_type | 该列是药物给予的方式,例如口服、注射等 |
barcode_type | 该列是药物条形码的类型 |
hcpcsevents
住院期间发生的计费事件。包括 CPT 代码。
hcpc事件 在MIMIC-IV数据库中,hcpcsevents表是用于存储医院常用过程及编码系统(Healthcare Common Procedure Coding System,HCPCS)事件的参考表,包含了患者接受医疗过程
的相关信息
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “hadm_id”:该列是患者住院的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “chartdate”:该列是医疗过程发生的日期和时间。
- “seq_num”:该列是医疗过程发生的序列号,用于标识不同的医疗过程。
- “hcpcs_cd”:该列是医疗过程的编码(CPT),用于标识医疗过程的类型。
- “short_description”:该列是医疗过程的简短描述,通常是对医疗过程编码的解释。
labevents
labevents表是用于存储患者实验室检查结果的参考表。该表包含了患者实验室检查的各种结果,例如血液、尿液、呼吸道分泌物等
- “labevent_id”:该列是实验室检查结果的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “hadm_id”:该列是患者住院的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “itemid”:该列是实验室检查的项目ID,用于标识实验室检查的类型。
- “charttime”:该列是实验室检查结果记录的时间。
- “storetime”:该列是实验室检查结果存储的时间。
- “value”:该列是实验室检查结果的值,例如血液检查的白细胞计数、尿液检查的蛋白质含量等。
- “valuenum”:该列是实验室检查结果的值的数值表示,通常与”valueuom”列一起使用。
- “valueuom”:该列是实验室检查结果的值的单位,例如血液检查的白细胞计数的单位为每立方毫米(/mm3)。
- “flag”:该列是实验室检查结果的标志,用于指示实验室检查结果是否异常或需要进一步处理。
- “reference_range”:该列是实验室检查结果的参考范围,通常与”value”列一起使用,用于指示实验室检查结果是否正常。包含了”ref_range_lower”和”ref_range_upper”两列,分别表示参考范围的下限和上限。
- “specimen_id”:该列是实验室检查的标本ID,例如血液、尿液等。
- “comments”:该列是实验室检查结果的注释,例如实验室技术员的注释或者医生的备注。
- “priority”:该列是实验室检查的优先级,例如“紧急”或“常规”。
microbiologyevents
d_icd_diagnoses表是国际疾病分类(International Classification of Diseases,ICD)的参考表,用于存储ICD诊断代码和说明信息
- “microevent_id”:该列是微生物检查结果的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “hadm_id”:该列是患者住院的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “chartdate”:该列是微生物检查结果记录的日期。
- “charttime”:该列是微生物检查结果记录的时间。
- “storedate”:该列是微生物检查结果存储的日期。
- “storetime”:该列是微生物检查结果存储的时间。
- “spec_type_desc”:该列是微生物检查的标本类型描述,例如血液、尿液等。
- “micro_specimen_id”:该列是微生物检查的标本ID,用于标识不同的微生物检查结果。
- “test_name”:该列是微生物检查的测试名称,例如培养、鉴定等。
- “org_name”:该列是微生物检查结果中检测到的微生物名称,例如细菌、真菌、病毒等。
- “ab_name”:该列是微生物检查结果中检测到的抗生素名称。
- “quantity”:该列是微生物检查结果中检测到的微生物数量,例如细菌数量。
- “dilution_value”:该列是微生物检查结果中使用的稀释值。
- “dilution_text”:该列是微生物检查结果中使用的稀释值的文本表示。
- “dilution_comparison”:该列是微生物检查结果中使用的稀释值与参考值的比较结果。
- “interpretation”:该列是微生物检查结果的解释,例如微生物敏感性、抗生素疗效等。
- “spec_itemid”:该列是微生物检查的标本ID,用于标识不同的微生物检查结果。
- “test_itemid”:该列是微生物检查的测试ID,用于标识不同的微生物检查测试。
- “ab_itemid”:该列是微生物检查的抗生素ID,用于标识不同的微生物检查结果中的抗生素。
- “isolate_num”:该列是微生物检查结果中检测到的微生物序列号。
- “test_seq”:该列是微生物检查结果中检测到的微生物测试序列号。
- “comments”:该列是微生物检查结果的注释,例如实验室技术员的注释或者医生的备注。
omr
omr表是用于记录患者口腔护理的参考表。该表包含了患者口腔护理的各种结果,例如口腔清洁程度、口腔感染情况等
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “chartdate”:该列是口腔护理记录的日期。
- “seq_num”:该列是口腔护理结果的序列号,用于标识不同的口腔护理结果。
- “result_name”:该列是口腔护理结果的名称,例如口腔清洁程度、龈炎情况等。
- “result_value”:该列是口腔护理结果的值,例如口腔清洁程度得分、龈炎程度等。
patients
:患者的人口统计数据
subject_id | 患者的唯一标识符 |
---|---|
gender | 患者的性别 |
anchor_age | 患者在入院时的年龄 |
anchor_year | 患者在入院时的年份 |
anchor_year_grop | 患者入院年份的分组 (按照年份将患者分成了5组) |
dod | 患者死亡日期,如果患者还活着,则为NULL |
pharmacy
pharmacy表是用于存储患者药物治疗相关信息的参考表。该表包含了患者接受药物治疗过程中的各种信息,例如药物名称、药物剂量、给药途径、给药频率、开始时间和结束时间等
- “entertime”:该列是记录药物治疗信息的录入时间。
- “verifiedtime”:该列是药物治疗信息的审核时间。
- “basal_rate”:该列是药物治疗中基础剂量的速率。
- “stoptime”:该列是药物治疗的停止时间。
- “doses_per_24_hrs”:该列是每日给药次数。
- “duration”:该列是药物治疗的持续时间。
- “pharmacy_id”:该列是药物治疗信息的唯一标识符。
- “expiration_value”:该列是药物的有效期。
- “hadm_id”:该列是患者的入院记录标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “expirationdate”:该列是药物的过期日期。
- “starttime”:该列是药物治疗的开始时间。
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “duration_interval”:该列是药物治疗的持续时间间隔。
- “expiration_unit”:该列是药物有效期的单位。
- “dispensation”:该列是药物的配药信息。
- “fill_quantity”:该列是药物配药的数量。
- “poe_id”:该列是医嘱的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “medication”:该列是药物的名称。
- “proc_type”:该列是药物治疗的类型,例如注射、口服等。
- “status”:该列是药物治疗的状态,例如已审核、未审核等。
- “route”:该列是药物给药的途径,例如口服、静脉注射等。
- “frequency”:该列是药物给药的频率。
- “disp_sched”:该列是药物配药的时间表。
- “infusion_type”:该列是药物给药的类型,例如静脉注射、持续泵等。
- “sliding_scale”:该列是药物给药的滑动比例。
- “lockout_interval”:该列是药物给药的锁定间隔。
- “one_hr_max”:该列是药物给药的最大剂量。
poe
poe表是用于存储患者医嘱信息的参考表。该表包含了患者医嘱的各种信息,例如医嘱类型、医嘱状态、医嘱开始时间和结束时间等
- “hadm_id”:该列是患者的入院记录标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “ordertime”:该列是医嘱的开立时间。
- “poe_seq”:该列是医嘱的序列号,用于标识不同的医嘱。
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “discontinue_of_poe_id”:该列是被撤销医嘱的唯一标识符。
- “discontinued_by_poe_id”:该列是撤销医嘱的唯一标识符。
- “poe_id”:该列是医嘱的唯一标识符。
- “order_status”:该列是医嘱的状态,例如已审核、未审核等。
- “order_type”:该列是医嘱的类型,例如药物治疗、手术等。
- “order_subtype”:该列是医嘱的子类型,例如药物治疗中的口服药物、静脉注射药物等。
- “transaction_type”:该列是医嘱操作的类型,例如创建、修改、撤销等。
poe_detail
- “poe_seq”:该列是医嘱的序列号,用于标识不同的医嘱。
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “poe_id”:该列是医嘱的唯一标识符。
- “field_name”:该列是医嘱详细信息的名称,例如药物剂量、给药途径、给药频率等。
- “field_value”:该列是医嘱详细信息的值,例如药物剂量的具体数值、给药途径的具体名称等。
prescriptions
prescriptions表是用于存储患者处方药物信息的参考表。该表包括了患者接受处方药物治疗的各种信息,例如药物名称、药物剂量、给药途径、给药频率、开始时间和结束时间等。该表中的一些重要列的含义如下
- “hadm_id”:该列是患者的入院记录标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “poe_seq”:该列是医嘱的序列号,用于标识不同的医嘱。
- “starttime”:该列是药物治疗的开始时间。
- “stoptime”:该列是药物治疗的停止时间。
- “pharmacy_id”:该列是药物治疗信息的唯一标识符。
- “doses_per_24_hrs”:该列是每日给药次数。
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “prod_strength”:该列是药物剂量的强度。
- “form_rx”:该列是药物剂型的名称,例如片剂、胶囊等。
- “dose_val_rx”:该列是药物剂量的具体数值。
- “dose_unit_rx”:该列是药物剂量的单位,例如毫克、克等。
- “form_val_disp”:该列是药物剂型的具体数值。
- “form_unit_disp”:该列是药物剂型的单位。
- “route”:该列是药物给药的途径,例如口服、静脉注射等。
- “poe_id”:该列是医嘱的唯一标识符。
- “drug_type”:该列是药物类型,例如化学药品、生物制品等。
- “drug”:该列是药物的通用名称。
- “formulary_drug_cd”:该列是药物的处方代码。
- “gsn”:该列是药物的全球唯一标识符。
- “ndc”:该列是药物的国家药品编码。
procedures_icd
procedures_icd表是用于存储患者实施过的医疗过程的参考表。该表包括了患者接受的各种医疗过程的ICD编码信息,例如手术、检查等
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “hadm_id”:该列是患者的入院记录标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “seq_num”:该列是医疗过程的序列号,用于标识不同的医疗过程。
- “chartdate”:该列是医疗过程记录的日期。
- “icd_version”:该列是ICD编码的版本,例如ICD-9、ICD-10等。
- “icd_code”:该列是医疗过程的ICD编码。
services
- “subject_id”:该列是患者的唯一标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “hadm_id”:该列是患者的入院记录标识符,用于与其他表格中的数据关联。
- “transfertime”:该列是医疗服务的时间。
- “prev_service”:该列是医疗服务之前的服务类型。
- “curr_service”:该列是医疗服务的服务类型。
icu
ICU 模块包含从 ICU 内使用的临床信息系统收集的信息。记录的数据包括静脉给药、呼吸机设置和其他图表项目。
ICU 模块包含来自 BIDMC 临床信息系统的数据:MetaVision (iMDSoft)。MetaVision 表被非规范化以创建星型模式,其中 icustays 和 d_items 表链接到一组数据表,所有表都以“事件”为后缀。icu 模块中记录的数据包括静脉和液体输入 (inputevents)、上述输入的成分 (ingredientevents)、患者输出 (outputevents)、程序 (procedureevents)、记录为日期或时间的信息 (datetimeevents) 以及其他图表信息(图表事件)。所有事件表都包含一个 stay_id 列,允许识别 icustays 中相关的 ICU 患者,以及一个 itemid 列,允许识别 d_items 中记录的概念。
chartevents
:患者在 ICU 的护理记录信息,包括生命体征、病情观察、医疗措施等
subject_id | 患者的唯一标识符,对应于 ICU 模块中的 admissions 和 patients 表中的 subject_id |
---|---|
hadm_id | 患者在 ICU 中的入院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 hadm_id 。 |
stay_id | 患者在 ICU 中的住院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 stay_id 。 |
charttime | 护理记录的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
storetime | 护理记录存储的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss。 |
itemid | 护理项目的唯一标识符,对应于 D_ITEMS 表中的 itemid ,可以用于查询该项目的描述信息 |
value | 护理记录的值,可以是数字、文本或者其他格式 |
valuenum | 护理记录的数值型值,如果 value 列的值是数值型的,则该列会存储数值型的值,否则为 NULL |
valueuom | 护理记录的单位,描述 value 列的单位 |
warning | 护理记录是否有警告信息,如果有警告信息则为 1,否则为 0 |
d_items
:包含了 ICU 中的所有测量指标、药品、手术等项目的元数据信息
itemid | 项目的唯一标识符,用于在其他表中引用该项目 |
---|---|
label | 项目的标签,描述该项目的名称和测量单位 |
abbreviation | 项目的缩写,常用于在图表和报告中显示 |
linksto | 该项目与其他表的关联信息,描述该项目在其他表中的引用方式 |
category | 项目的类别,用于对不同类型的项目进行分类 |
unitname | 项目的测量单位名称,描述该项目的测量单位 |
param_type | 项目的参数类型,描述该项目的参数类型 |
lownormalvalue | 项目的正常最低值,描述该项目的正常最低值范围 |
highnormalvalue | 项目的正常最高值,描述该项目的正常最高值范围 |
datetimeevents
:包含了 ICU 中的一些时间相关的事件的记录信息
subject_id | 患者的唯一标识符,对应于 ICU 模块中的 admissions 和 patients 表中的 subject_id |
---|---|
hadm_id | 患者在 ICU 中的入院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 hadm_id |
stay_id | 患者在 ICU 中的住院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 stay_id |
charttime | 事件发生的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
storetime | 事件存储的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
itemid | 事件的唯一标识符,对应于 D_ITEMS 表中的 itemid ,可以用于查询该事件的描述信息 |
value | 事件的值,可以是数字、文本或者其他格式 |
valueuom | 事件的单位,描述 value 列的单位 |
warning | 事件是否有警告信息,如果有警告信息则为 1,否则为 0 |
icustays
:包含了 ICU 中每个患者的住院记录信息
subject_id | 患者的唯一标识符,对应于 ICU 模块中的 admissions 和 patients 表中的 subject_id |
---|---|
hadm_id | 患者在 ICU 中的入院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 hadm_id |
stay_id | 患者在 ICU 中的住院号,用于区分不同的 ICU 住院记录 |
first_careunit | 患者进入 ICU 后的第一个护理单元,记录该 ICU 住院记录的开始 |
last_careunit | 患者最后一个护理单元,记录该 ICU 住院记录的结束 |
intime | 患者进入 ICU 的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
outtime | 患者离开 ICU 的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
los | 患者在 ICU 中的住院时间,以小时为单位 |
inputevents
包含了 ICU 中患者的药品、液体和营养剂等输入信息
subject_id | 患者的唯一标识符,对应于 ICU 模块中的 admissions 和 patients 表中的 subject_id |
---|---|
hadm_id | 患者在 ICU 中的入院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 hadm_id |
stay_id | 患者在 ICU 中的住院号,用于区分不同的 ICU 住院记录 |
starttime | 输入事件开始时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
endtime | 输入事件结束时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
storetime | 输入事件记录的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
itemid | 输入项目的唯一标识符,对应于 D_ITEMS 表中的 itemid ,可以用于查询该项目的描述信息 |
amount | 输入项目的数量 |
amountuom | 输入项目的数量单位,描述 amount 列的单位 |
rate | 输入项目的速率 |
rateuom | 输入项目的速率单位,描述 rate 列的单位 |
orderid | 输入项目的订单编号 |
linkorderid | 输入项目关联的订单编号 |
ordercategoryname | 订单的类别名称 |
secondaryordercategoryname | 次要订单的类别名称 |
ordercomponenttypedescription | 订单组成类型的描述信息 |
ordercategorydescription | 订单类别的描述信息 |
patientweight | 患者的体重 |
totalamount | 输入项目的总数量 |
totalamountuom | 输入项目的总数量单位,描述 totalamount 列的单位 |
isopenbag | 输入项目是否为开袋状态,如果是则为 1,否则为 0 |
continueinnextdept | 输入项目是否需要在下一个部门中继续,如果是则为 1,否则为 0 |
cancelreason | 输入项目取消的原因 |
statusdescription | 输入项目的状态描述 |
originalamount | 原始输入项目的数量 |
originalrate | 原始输入项目的速率 |
outputevents
包含了 ICU 中患者的尿液、排泄物和引流液等输出信息
subject_id | 患者的唯一标识符,对应于 ICU 模块中的 admissions 和 patients 表中的 subject_id |
---|---|
hadm_id | 患者在 ICU 中的入院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 hadm_id |
stay_id | 患者在 ICU 中的住院号,用于区分不同的 ICU 住院记录 |
charttime | 事件发生的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
storetime | 事件存储的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
itemid | 事件的唯一标识符,对应于 D_ITEMS 表中的 itemid ,可以用于查询该事件的描述信息 |
value | 事件的值,可以是数字、文本或者其他格式 |
valueuom | 事件的单位,描述 value 列的单位 |
procedureevents
医疗过程事件表
包含了 ICU 中患者的各种手术、治疗和检查等操作信息
subject_id | 患者的唯一标识符,对应于 ICU 模块中的 admissions 和 patients 表中的 subject_id |
---|---|
hadm_id | 患者在 ICU 中的入院号,对应于 ICU 模块中的 admissions 表中的 hadm_id |
stay_id | 患者在 ICU 中的住院号,用于区分不同的 ICU 住院记录 |
starttime | 事件开始时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
endtime | 事件结束时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
storetime | 事件记录的时间,格式为 yyyy-mm-dd hh:mm:ss |
itemid | 事件的唯一标识符,对应于 D_ITEMS 表中的 itemid ,可以用于查询该事件的描述信息 |
value | 事件的值,可以是数字、文本或者其他格式 |
valueuom | 事件的单位,描述 value 列的单位 |
location | 事件发生的位置 |
locationcategory | 位置的类别 |
orderid | 事件的订单编号 |
linkorderid | 事件关联的订单编号 |
ordercategoryname | 订单的类别名称 |
secondaryordercategoryname | 次要订单的类别名称 |
ordercategorydescription | 订单类别的描述信息 |
patientweight | 患者的体重 |
totalamount | 事件的总数量 |
totalamountuom | 事件的总数量单位,描述 totalamount 列的单位 |
isopenbag | 事件是否为开袋状态,如果是则为 1,否则为 0 |
continueinnextdept | 事件是否需要在下一个部门中继续,如果是则为 1,否则为 0 |
cancelreason | 事件取消的原因 |
statusdescription | 事件的状态描述 |
comments_date | 事件的评论日期 |
originalamount | 原始事件的数量 |
originalrate | 原始事件的速率 |
MIMIC2.2新增
ed
ED 模块包含急诊科患者在 ED 时收集的数据。 信息包括入院原因、分类评估、生命体征和药物调和。 subject_id 和 hadm_id 标识符允许 MIMIC-IV-ED 链接到其他 MIMIC-IV 模块。
diagnosis
“subject_id”: 这是一个唯一标识符,用于表示在MIMIC-IV数据库中的每个患者。每个患者都有一个独特的subject_id。
“stay_id”: 唯一标识单个患者在急诊室停留的标识符。
“seq_num”: 这是一个整数,表示某个诊断在某个留观期中的顺序。例如,如果一个患者在留观期中被诊断为三种疾病,那么每个诊断都会有一个不同的seq_num,以表示诊断的顺序。
“icd_version”: 这是指国际疾病分类系统的版本。ICD系统是一种用于编码医疗诊断和手术过程的系统,目前已经发展为第十版(ICD-10)。
“icd_code”: 这是一个字符串,表示某个具体的诊断代码,它是根据ICD系统编制的。
“icd_title”: 这是一个字符串,表示与诊断代码对应的具体疾病名称或诊断。
edstays
edstays表是急诊就诊的主要跟踪表。它提供了患者进入急诊室的时间和他们离开急诊室的时间。
“subject_id”: 这是一个唯一标识符,用于表示在MIMIC-IV数据库中的每个患者。每个患者都有一个独特的subject_id。
“hadm_id”: 如果患者在 ED 住院后入院,
hadm_id
将包含医院标识符(范围从 2000000 - 2999999)。可hadm_id
用于将 ED 停留与 MIMIC-IV 中的住院联系起来。如果
hadm_id
是NULL
,则患者在 ED 停留后未入院。“stay_id”: 唯一标识单个患者在急诊室停留的标识符。
“intime”: 给定急诊科住院的入院日期时间 (
intime
)“outtime”: 给定急诊科住院的出院日期时间 (outtime )
“gender”: 这是指患者的性别,可为”Male”或”Female”。
“race”: 这是指患者的种族,可能是”White”, “Black or African American”, “Asian”, “Native Hawaiian or Other Pacific Islander”, “Hispanic or Latino”, “American Indian or Alaska Native”, “Other”, 或者为空值。
“arrival_transport”: 这是指患者进入急诊室的方式,可能是”Ambulance”, “Walk-in”, “Other”, 或者为空值。
到达_运输 数数 步入 251849 救护车 155752 未知 15352 其他 1266 直升机 868 “disposition”: 个人离开 ED 的方法。在非空方法中,可能性包括:
medrecon
在进入急诊室时,工作人员会询问患者目前正在服用什么药物。此过程称为药物调和,medrecon表存储护理人员的调查结果。
Links to:
edstays on
stay_id
“stay_id”: 唯一标识单个患者在急诊室停留的标识符。
“charttime”: 绘制药物调和图的时间。
“name”: 这是指药物的通用名称。
“etc_rn”: 这是一个整数,表示某个药物在某个ED留观期中的顺序。例如,如果一个患者在留观期中使用了三种药物,那么每种药物都会有一个不同的etc_rn,以表示药物的顺序。
“etccode”: 这是表示药物的编码。在MIMIC-IV数据库中,每个药物都具有一个唯一的etccode。
“etcdescription”: 这是表示药物的描述。它提供了有关药物名称、剂量和给药方式等信息。
“gsn”: 这是指药物的识别号(GSN)。每种药物都具有唯一的gsn。
“ndc”: 这是指药物的国家药品编码(ndc)。它是一种被广泛使用的药物标识符。
pyxis
pyxis表提供了通过 Pyxis 系统进行的药物分配信息。
请注意,由于同一种药物可能有多个gsn
值,因此每一行不一定表示唯一的分配。该med_rn
列允许对个别分配进行二次选择。
Links to:
- edstays on
stay_id
stay_id:唯一标识单个患者在急诊室停留的标识符。
charttime :药物被绘制成图表的时间,这是最接近药物给药时间的时间。
med_rn
用于对单次分配进行分组的药物的行号。
name
药名。
gsn
通用序列号 (GSN),一种为每种药物提供代码的本体。
gsn_rn
由于药物可能是 GSN 本体中多个组的成员,因此该行号将它们区分开来。的顺序gsn_rn
没有意义。
triage
分类表包含有关患者在急诊室首次分类时的信息。患者在分诊时由一名护理提供者进行评估,并询问一系列问题以评估他们目前的健康状况。测量他们的生命体征并指定敏锐度水平。根据敏锐度水平,患者要么在候诊室等待稍后的关注,要么优先接受即时护理。
triage中的所有字段最初都是自由文本。出于去识别化的目的,生命体征和疼痛字段被转换为数值。因此,NULL为文本条目引入了少量值。
重要注意事项
没有与分类观察相关的时间。最接近分类时间的近似值是edstaysintime
表中患者的时间。
此表中的数字条目最初存储为自由文本。因此,这些列需要去标识化。无法简单转换的自由文本条目已被删除。通常,MIMIC-IV中去标识化的应用使用三个下划线(___
)表示,以向用户明确表示我们对数据进行了修改。但是,由于数据类型的限制,我们无法在这种情况下执行此操作。因此,数字列中缺失的数据表示数据已去标识化或未记录数据。然而,这通常很少见。下表显示了出于去标识化目的删除数据的频率:
subject_id
subject_id是指定单个患者的唯一标识符。与单个subject_id关联的任何行都属于同一个人。
stay_id
唯一标识单个患者在急诊室停留的标识符。
temperature
患者的华氏温度。有些温度可能被错误地记录为摄氏度。
heartrate
患者的心率(每分钟心跳次数)。
resprate
患者的呼吸频率(每分钟呼吸次数)。
o2sat
患者的外周血氧饱和度百分比。
sbp,dbp
患者的收缩压和舒张压分别以毫米汞柱 (mmHg) 为单位测量。
pain
患者自我报告的疼痛程度,评分范围为 0-10。
acuity
基于使用紧急严重程度指数 (ESI) 五级分类系统的敏锐度的优先顺序。此优先级由注册护士指定。级别 1 是最高优先级,而级别 5 是最低优先级。级别是:
1个
当 1 级条件或患者符合 ED 触发标准时,分类过程停止,患者被直接带到房间并要求立即进行医生干预。
触发 1 级的患者状况包括无反应、插管、呼吸暂停、无脉搏、需要药物/干预以改变 ESI 水平,例如麻醉剂/腺苷/心脏复律、外伤、中风、stemi
2个
当确定 2 级条件时,分诊护士会通知资源护士并确定适当的安置。
触发 2 级的患者情况包括高风险情况、新发的精神错乱、自杀/杀人念头、嗜睡、癫痫发作或定向障碍、可能的异位妊娠、免疫功能低下的患者发烧、剧烈疼痛/痛苦或生命体征不稳定
3个
包括需要两种或多种资源(实验室、心电图、X 光、静脉输液等)且生命体征稳定的患者
4个
患者只需要一种资源(实验室、心电图等)
5个
不需要任何资源的患者
chiefcomplaint
患者主诉的去标识化自由文本描述。
vitalsign
进入急诊室的患者每 1-4 小时进行一次常规生命体征检查。这些生命体征存储在生命体征表中
重要注意事项
此表中的数字条目最初存储为自由文本。因此,这些列需要去标识化。无法简单转换的自由文本条目已被删除。通常,MIMIC-IV中去标识化的应用使用三个下划线(___)表示,以向用户明确表示我们对数据进行了修改。我们认为最好是省略此修改,而不是通过将大多数数字数据共享为文本来增加用户的困惑和困难。因此,数字列中缺失的数据表示数据已去标识化或未记录数据。但是,在大多数情况下,缺失数据表明没有记录任何信息。下表显示了出于去标识化目的删除数据的频率:
subject_id
subject_id是指定单个患者的唯一标识符。与单个subject_id关联的任何行都属于同一个人。
stay_id
唯一标识单个患者在急诊室停留的标识符。
charttime
绘制生命体征的时间。
temperature
患者的华氏温度。有些温度可能被错误地记录为摄氏度。
heartrate
患者的心率(每分钟心跳次数)。
resprate
患者的呼吸频率(每分钟呼吸次数)。
o2sat
以百分比形式测量的患者氧饱和度。
sbp,dbp
患者的收缩压 (sbp) 和舒张压 (dbp) 以毫米汞柱 (mmHg) 为单位测量。
rhythm
病人的心律。
pain
患者自我报告的疼痛程度,评分范围为 0-10。痛苦被记录为自由文本,可能包含非数字条目
note
住院出院小结
注释模块包含针对住院患者的未识别的自由文本临床注释
discharge
出院表包含住院的出院摘要。出院小结是长篇叙述,描述了患者入院的原因、住院过程以及任何相关的出院说明。
Links to
- discharge_detail on
note_id
note_id
给定注释的唯一标识符。note_id由subject_id、the note_type(总是两个字符长)和一个单调递增的整数组成note_seq,格式如下:subject_id- note_type- note_seq。
subject_id
subject_id是指定单个患者的唯一标识符。与单个subject_id关联的任何行都属于同一个人。
hadm_id
hadm_id是一个整数标识符,对于每个患者住院是唯一的。
note_type
行中记录的注释类型。注释有两种类型:
‘DS’ - 出院总结
‘AD’ - 出院摘要附录
note_seq
一个单调递增的整数,按时间顺序对类别内的笔记进行排序note_type。也就是说,笔记可以按顺序排序note_seq。
charttime
注释绘制的时间——这通常是解释注释内容最相关的时间,但不一定是注释完全写入的时间。
storetime
笔记存储在数据库中的时间。这通常是在笔记完成并签名时
Discharge detail
出院总结的辅助信息。
与出院表中记录的注释相关的附加信息。可以使用note_id
链接到discharge表
note_id
给定注释的唯一标识符。note_id由subject_id、the note_type(总是两个字符长)和一个单调递增的整数组成note_seq,格式如下:subject_id- note_type- note_seq。
subject_id
subject_id是指定单个患者的唯一标识符。与单个subject_id关联的任何行都属于同一个人。
field_name
每行都提供了关于注释的特定方面的详细信息。field_name是给那个方面的名称。从 MIMIC-IV v1.0 开始,可能的值包括:作者
field_value
field_value是与给定关联的值field_name,与注释关联。例如,对于field_name“作者”的,该field_value列包含注释的作者
Radiology
放射学报告
放射学表包含与放射成像相关的自由文本放射学报告。放射学报告涵盖多种成像方式:X 射线、计算机断层扫描、磁共振成像、超声等。自由文本放射学报告是半结构化的,通常遵循给定成像协议的一致模板
note_id
给定注释的唯一标识符。note_id由subject_id、the note_type(总是两个字符长)和一个单调递增的整数组成note_seq,格式如下:subject_id- note_type- note_seq。
subject_id
subject_id是指定单个患者的唯一标识符。与单个subject_id关联的任何行都属于同一个人。
hadm_id
hadm_id是一个整数标识符,对于每个患者住院是唯一的。
note_type
行中记录的注释类型。注释有两种类型:
‘RR’ - 放射学报告
‘AR’ - 放射学报告附录
note_seq
一个单调递增的整数,按时间顺序对类别内的笔记进行排序note_type。也就是说,笔记可以按顺序排序note_seq。
charttime
注释绘制的时间——这通常是解释注释内容最相关的时间,但不一定是注释完全写入的时间。
storetime
笔记存储在数据库中的时间。这通常是在笔记完成并签名时。
Radiology detail
放射学笔记的辅助信息
与放射学表中记录的注释相关的附加信息。可以使用note_id链接到放射表Radiology
note_id
给定注释的唯一标识符。note_id由subject_id、the note_type(总是两个字符长)和一个单调递增的整数组成note_seq,格式如下:subject_id- note_type- note_seq。
subject_id
subject_id是指定单个患者的唯一标识符。与单个subject_id关联的任何行都属于同一个人。
field_name
每行都提供了关于注释的特定方面的详细信息。field_name是给那个方面的名称。从 MIMIC-IV v1.0 开始,可能的值包括:
附录_note_id
parent_note_id
cpt_code
考试代码
考试名称
field_value
field_value是与给定关联的值field_name,与注释关联。例如,对于field_name“作者”的,该field_value列包含注释的作者
治疗名称
病情 | 治疗名称 |
---|---|
心脏骤停 | 心肺复苏 |
急性呼吸窘迫 | 呼吸支持治疗 |
失学性休克 | 休克支持治疗 |
- 急性呼吸窘迫的治疗名称通常称为呼吸支持治疗。呼吸支持治疗包括吸氧、呼吸机支持、呼吸道管理等措施,旨在改善患者的呼吸功能,维持氧合和二氧化碳排泄,以缓解呼吸窘迫症状和维持生命体征的稳定。
- 失学性休克的治疗名称通常称为休克支持治疗。休克支持治疗包括补液、使用血管活性药物、纠正酸碱平衡等措施,旨在维持患者的循环功能和器官灌注,以缓解休克症状和维持生命体征的稳定。
碰见的问题:
问GPT的SQL语句前缀
我已经将mimic-iv1.0数据库导入到了postgresql中并用pgadmin可视化,表名为mimiciv,三个架构分别为mimic_core,mimic_hosp,mimic_icu,请给我在pgadmin中查询subject_id =10014354且hadm_id =29600294的患者数据信息的sql语句
我已经将mimic-iv2.0数据库导入到了postgresql中并用pgadmin可视化,表名为mimiciv20,我想查mimic_hosp架构中diagnoses_icd表的所有的列名,请给我sql语句
问题1:选择查询工具
为什么我用pgadmin4的psql tool,会弹出sql shell类似的窗口
根据你提供的信息,我猜测你打开的是 pgAdmin 4 的“SQL Shell”工具,而不是“Query Tool”工具。这两个工具在 pgAdmin 4 中具有不同的用途和功能。
“SQL Shell”工具是 pgAdmin 4 中的命令行界面,它允许你使用 psql 命令行工具来连接和管理 PostgreSQL 数据库。当你打开“SQL Shell”工具时,它会弹出一个类似于 SQL Shell 的命令行窗口,你可以在该窗口中输入 psql 命令。
如果你想要使用 pgAdmin 4 的图形界面来执行 SQL 查询和管理数据库对象,你应该使用“Query Tool”工具(对应中文就是”**查询工具”**),而不是“SQL Shell”工具。要打开“Query Tool”工具,请按照以下步骤操作:
- 打开 pgAdmin 4 工具,然后选择要连接的服务器对象。
- 在对象树中展开服务器对象,然后右键单击要查询的数据库对象。
- 在弹出的上下文菜单中,选择“Query Tool”选项,这将打开一个新的 SQL 查询窗口。
- 在 SQL 查询窗口中,你可以输入 SQL 查询语句,并使用工具栏中的按钮执行查询、保存查询或导出查询结果等操作。
请注意,这里的“Query Tool”工具是 pgAdmin 4 中的图形界面工具,它提供了许多方便的功能来管理数据库对象和执行 SQL 查询。如果你想要使用 psql 命令行工具来连接和管理数据库,你可以选择使用“SQL
问题2:查询示例
# 设置搜索路径设置为mimic_core |
关于icd_code
ICD-9 和 ICD-10 代码通常都带有小数点。ICD 代码的解释不需要这个小数点;即icd_code
‘0010’ 等同于’001.0’。
MIMIC-IV2.0的icd10是新版本的(不是2019年版本的):https://www.icd10data.com/ICD10CM/Codes
心脏骤停
ICD-9 代码列表 390–459:循环系统疾病
ICD-9-CM: 427.5
ICD-10-CM: I46x
SELECT subject_id,hadm_id,icd_code |
Match found: p14071752 21211403 I462 17:18:20.236 28/7/2156 |
在ICD-10编码标准中,I46.2、I46.8和I46.9均表示心搏骤停,但它们之间有细微的差异。 |
急性呼吸窘迫综合征
ICD-9-CM: 518.81
ICD-10-CM: J80
# Match found: p13080738 20217710 51881 |
失血性性休克
# Match found: p13184012 23868910 R571 |
匹配
请按照我的需求给我写一段python代码: |
Match found: p14071752 |
和手术相关的表
d_hcpcs | 主要用于为hcpcsevents表中使用的代码提供可读的定义(有cpt) 查不到我想要的 |
---|---|
d_icd_procedures | ICD医疗过程词典表。 |
poe | 患者医嘱信息的参考表。“order_type”:该列是医嘱的类型,例如药物治疗、手术等。 |
procedures_icd | 存储患者实施过的医疗过程的参考表 |
datetimeevents | 包含了 ICU 中的一些时间相关的事件的记录信息 |
d_items | 包含了 ICU 中的所有测量指标、药品、手术等项目的元数据信息 |
procedureevents | 医疗过程事件表包含了 ICU 中患者的各种手术、治疗和检查等操作信息 |
根据subject_id和hadm_id查出对应cpt代码(失败)
在hosp模块的hpcsevents表中
-- 根据subject_id和hadm_id查出对应cpt代码 |
很遗憾,我没查到任意一个我自己想要的,只能按照一般的来了,gpt随便问了一下:
心脏骤停的CPT代码通常与心肺复苏(CPR)相关。以下是一些比较常见的心脏骤停相关的CPT代码:
92950:心肺复苏(包括胸外按压和人工呼吸)
92953:心肺复苏(包括胸外按压和人工呼吸),经气管插管或气管切开
92960:心肺复苏(包括胸外按压和人工呼吸),经导管直接插入气管
92977:体外心脏去纤维化术(包括心肺复苏和电除颤)
需要说明的是,CPT代码的使用可能因为医疗机构、地区和时间等因素而有所不同,以上CPT代码仅为参考,具体情况需要根据具体的研究目的和条件进行查找和匹配。此外,还需要了解CPT编码的使用规范和标准,以便正确地应用和解读编码信息。
根据subject_id和hadm_id查出procedures_icd表对应手术详细信息(失败)
-- 根据subject_id和hadm_id查d_icd_procedures |
-- 手术编码结果: |
-- 如果查到了再根据查到的procedures_icd编码去d_icd_procedures表里查解释说明 |



根据subject_id和hadm_id查出poe表对应医嘱信息 (失败)
-- 查某个患者的医嘱 |

查了下医嘱类型:
SELECT DISTINCT order_type |

医嘱类型含义:
MIMIC-IV2.0中的mimic_hosp模块中的poe表中的order_type列包含了多种医嘱类型。以下是其中几种类型及其含义:
- “ADT orders”: 包括与患者入院和出院相关的医嘱,如护理评估、病历记录等。
- “Blood Bank”: 包括与输血相关的医嘱,如血型鉴定、血液成分治疗等。
- “Cardiology”: 包括与心脏疾病相关的医嘱,如心电图、心脏监测等。
- “Critical Care”: 包括与重症监护相关的医嘱,如机械通气、血流动力学监测等。
- “General Care”: 包括与一般护理相关的医嘱,如病人转移、伤口护理等。
- “IV therapy”: 包括与静脉输液治疗相关的医嘱,如输液速率、输液种类等。
- “Lab”: 包括与实验室检测相关的医嘱,如血常规、尿常规等。
- “Medications”: 包括药物治疗相关的医嘱,如用药剂量、用药频率等。
- “Nutrition”: 包括与营养治疗相关的医嘱,如饮食种类、进食方式等。
- “Radiology”: 包括与放射治疗相关的医嘱,如X光检查、CT检查等。
- “Respiratory”: 包括与呼吸治疗相关的医嘱,如吸氧、呼吸机操作等。
需要注意的是,不同的医疗机构可能会有不同的医嘱类型分类方式,因此在具体应用时需要结合具体的情况进行理解和使用。
医嘱子类型含义:
- “Activity”: 活动相关的医嘱,例如安排患者进行康复训练、体育锻炼等。
- “Blood tests”: 血液检测相关的医嘱,例如安排患者进行血常规、凝血功能等检查。
- “CPAP for OSA”: 针对睡眠呼吸暂停综合症的持续正压通气(CPAP)治疗相关的医嘱。
- “Cryoprecipitate Product Order”: 冻沉淀制品治疗相关的医嘱。
- “Diet Order”: 饮食相关的医嘱,例如安排患者进行特殊膳食、禁食等。
- “ECG”: 心电图检查相关的医嘱。
- “Frozen Plasma Product Order”: 冰冻血浆治疗相关的医嘱。
- “General Xray”: 一般X光检查相关的医嘱。
- “Hemodynamic monitoring”: 血流动力学监测相关的医嘱,例如安排患者进行动脉压力监测等。
- “IV access”: 静脉通路相关的医嘱,例如安排患者进行静脉穿刺、置管等。
- “IV fluids”: 静脉输液相关的医嘱,例如安排患者进行生理盐水、葡萄糖等输液治疗。
- “Mechanical Ventilation”: 机械通气治疗相关的医嘱。
- “Other”: 其他类型的医嘱,没有特定的分类。
- “Oxygen Therapy”: 氧疗治疗相关的医嘱。
- “Platelet Product Order”: 血小板制品治疗相关的医嘱。
- “Postop”: 术后相关的医嘱,例如安排患者进行术后康复、护理等。
- “Red Cell Product Order”: 红细胞制品治疗相关的医嘱。
- “Restraints”: 约束治疗相关的医嘱,例如安排患者进行限制活动、绑带约束等。
- “Therapeutic devices/DVT/Prophylaxis”: 治疗性设备、深静脉血栓预防相关的医嘱。
- “Tubes/Drains”: 包括管道和引流管的相关医嘱,例如安排患者进行胃肠减压、胸腔引流等。
- “Ultrasound”: 超声检查相关的医嘱。
- “Vitals/Monitoring”: 生命体征监测相关的医嘱,例如安排患者进行血压监测、呼吸频率监测等。
根据subject_id和hadm_id查datetimeevents表和d_items表(失败)
-- 根据subject_id和hadm_id查datetimeevents |

根据subject_id和hadm_id查procedureevents表
-- 根据subject_id和hadm_id查procedureevents表 |

根据subject_id和hadm_id查chartevents(成功)
不过很遗憾,没有看见心电相关的,全是呼吸相关的
SELECT * |
SELECT itemid |
从7856行到7887行,共32行


看charttime还是storetime
MIMIC-IV-Waveform-Database中的时间应该对应MIMIC-IV2.0 中chartevents表中的charttime还是storetime呢?
GPT答:charttime
MIMIC-IV-Waveform-Database 中的时间戳应该对应 MIMIC-IV2.0 中 “chartevents” 表中的 “charttime” 字段,而不是 “storetime” 字段。
这是因为 “charttime” 字段表示记录这些数据的时间点,通常是医疗保健工作者记录数据的时间。而 MIMIC-IV-Waveform-Database 中的时间戳表示记录数据的时间点,即数据采集的时间点,与 “chartevents” 表中的 “charttime” 字段所表示的时间点更加一致。
在进行数据整合和分析时,应该将 MIMIC-IV-Waveform-Database 中的波形数据与 “chartevents” 表中的其他生理参数和临床数据进行整合,以获取更全面和准确的患者信息。需要注意的是,在进行数据整合时,可能需要进行时间戳的校准和匹配,以确保数据的一致性和准确性。
根据itemid查d_items表
itemid从chartevents表中查到的
-- 心脏骤停根据itemid查d_items表 |

解析81739927_0001.hea
81739927_0001 4 62.4725/999.56 320 |
解析:
这是一个 MIMIC-IV 波形数据库中某个 .hea 文件的内容,文件中包含了一些波形信号的相关信息。具体地,文件内容的含义如下:
第一行:记录号为 81739927_0001,共有 4 个信号通道,采样率为 62.4725 Hz,数据长度为 320。
第二行:第一个信号通道的数据文件名为 81739927_0001e.dat,数据为 516 行 4 列,增益为 200mV,基线为 14,ADC 最大值为 8192,最小值为 0,采样位数为 512,通道名称为 II。
第三行:第二个信号通道的数据文件名为 81739927_0001e.dat,数据为 516 行 4 列,增益为 200mV,基线为 14,ADC 最大值为 8192,最小值为 0,采样位数为 512,通道名称为 V。
第四行:第三个信号通道的数据文件名为 81739927_0001e.dat,数据为 516 行 4 列,增益为 200mV,基线为 14,ADC 最大值为 8192,最小值为 0,采样位数为 512,通道名称为 aVR。
第五行:第四个信号通道的数据文件名为 81739927_0001r.dat,数据为 516 行 1 列,增益为 1637(1230)Ohm,基线为 10,ADC 最大值为 32736,最小值为 0,采样位数为 512,通道名称为 Resp。
第六行:对于信号通道 0,使用 bandpass=[0.5,35] 的带通滤波器进行滤波。
第七行:对于信号通道 1,使用 bandpass=[0.5,35] 的带通滤波器进行滤波。
第八行:对于信号通道 2,使用 bandpass=[0.5,35] 的带通滤波器进行滤波。
该文件中包含了四个波形信号通道,分别为 II、V、aVR 和 Resp。其中前三个信号通道的数据文件名为 81739927_0001e.dat,后一个信号通道的数据文件名为 81739927_0001r.dat。每个信号通道的采样率和采样位数、增益、基线、ADC 最大值和最小值等信息都有所不同。文件中还给出了对信号通道进行带通滤波的相关信息。
解析81739927.hea
#wfdb 10.7 |
解析:
这是一个 MIMIC-IV 波形数据库中某个数据文件的 .hea 描述文件,用于描述该数据文件中所包含的信号通道和一些相关的参数信息。具体内容的含义如下:
第一行:文件格式为 wfdb 10.7,表示该文件符合 WFDB(Waveform Database)格式规范的版本号为 10.7。
第二行:记录号为 81739927/21,表示该数据文件对应的患者记录号为 81739927,该记录中包含了 21 个信号通道。
第三行:共有 7 个信号通道,采样率为 62.4725 Hz,数据长度为 6661120,记录开始时间为 09:00:17.566
,采样位数为 16,信号精度为 8 bit,数据文件长度为 2148。
第四到第二十四行:分别描述了 21 个信号通道的相关信息。每行的格式为“信号通道名称 数据长度”,其中数据长度表示该信号通道在数据文件中的数据长度。
第二十五行及以后:包含了一些与该数据文件相关的患者信息,其中 subject_id 表示患者的唯一标识符,hadm_id 表示患者在医院中的唯一标识符。
该文件中包含了 21 个信号通道,具体每个信号通道的含义和数据类型需要查看数据文件中的 .dat 文件或数据字典文件来确定。该文件中的信息可以帮助使用者了解数据文件的基本特征、信号通道数目和采样率等信息,以及对数据文件进行后续的处理和应用。
MIMIC2.2心脏骤停病人
-- 在diagnosis表中查出所有心脏骤停患者的subject_id |
subject_id stay_id note_id |